《1号档案》讲述了：Y省L市，国家安全分局内突然暴发惊天大案，事关国家安全机密的1号秘密档案被窃，国家安全一处处长兼特别行动队队长郑雄临危受命，率队赶赴L市并组建“反恐”组织，在当地相关部门配合下全力开展侦破工作。